אסטרוגן הוא ״המפעיל הראשי״ של מוח האישה וקריטי לייצור אנרגיה במוח.
אזורים במוח כגון ההיפותלמוס (אחראי על טמפרטורת הגוף), גזע המוח (שינה/עירות), ואמיגדלה/היפוקמפוס (רגש/זיכרון) מושפעים ישירות מחוסר אסטרוגן.
כאשר רמות האסטרוגן יורדות במוח בזמן גיל המעבר הדבר גורם לשינוי במבנה המוח כולל החומר האפור. המחסור באסטרוגן מוביל לירידה משמעותית ברמות האנרגיה במוח (עד 30%). תאי העצב מאטים ומזדקנים מהר יותר.